MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Staphylococcus epidermidis ATCC 12228 plasmid pSE-12228-04

Total Repeats: 398

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_005005	ACA	2	6	147	152	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470556
2	NC_005005	ATA	2	6	158	163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470556
3	NC_005005	A	7	7	171	177	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
4	NC_005005	CGA	2	6	184	189	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	32470556
5	NC_005005	ATT	2	6	206	211	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470556
6	NC_005005	AT	3	6	217	222	50 %	50 %	0 %	0 %	32470556
7	NC_005005	A	6	6	270	275	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
8	NC_005005	TAA	2	6	298	303	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470556
9	NC_005005	A	7	7	325	331	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
10	NC_005005	A	7	7	343	349	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
11	NC_005005	GTA	2	6	393	398	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470556
12	NC_005005	ATC	2	6	410	415	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470556
13	NC_005005	AAG	2	6	417	422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470556
14	NC_005005	A	7	7	443	449	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
15	NC_005005	A	7	7	453	459	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
16	NC_005005	A	7	7	495	501	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
17	NC_005005	GAA	2	6	512	517	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470556
18	NC_005005	AT	3	6	518	523	50 %	50 %	0 %	0 %	32470556
19	NC_005005	ATA	2	6	531	536	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470556
20	NC_005005	A	7	7	536	542	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
21	NC_005005	A	6	6	551	556	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
22	NC_005005	AAC	2	6	572	577	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470556
23	NC_005005	A	6	6	688	693	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
24	NC_005005	TAT	2	6	713	718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470556
25	NC_005005	AGT	2	6	751	756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470556
26	NC_005005	A	7	7	757	763	100 %	0 %	0 %	0 %	32470556
27	NC_005005	TAG	2	6	772	777	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470556
28	NC_005005	TAA	2	6	816	821	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470556
29	NC_005005	GAA	2	6	884	889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470556
30	NC_005005	TAG	2	6	894	899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470556
31	NC_005005	CTA	2	6	1172	1177	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
32	NC_005005	TCT	2	6	1178	1183	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
33	NC_005005	TCT	3	9	1207	1215	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
34	NC_005005	TAT	2	6	1219	1224	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
35	NC_005005	TTGTT	2	10	1233	1242	0 %	80 %	20 %	0 %	32470557
36	NC_005005	ATA	2	6	1259	1264	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470557
37	NC_005005	GAT	2	6	1333	1338	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470557
38	NC_005005	ATT	3	9	1343	1351	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
39	NC_005005	CTT	3	9	1384	1392	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
40	NC_005005	ATT	2	6	1400	1405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
41	NC_005005	TTTCTT	2	12	1531	1542	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	32470557
42	NC_005005	TAA	2	6	1549	1554	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470557
43	NC_005005	T	6	6	1637	1642	0 %	100 %	0 %	0 %	32470557
44	NC_005005	CAA	2	6	1655	1660	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470557
45	NC_005005	CAT	2	6	1663	1668	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
46	NC_005005	TTTG	2	8	1684	1691	0 %	75 %	25 %	0 %	32470557
47	NC_005005	TCA	2	6	1740	1745	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
48	NC_005005	TCA	2	6	1761	1766	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
49	NC_005005	ATG	3	9	1775	1783	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470557
50	NC_005005	GAT	2	6	1813	1818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470557
51	NC_005005	T	7	7	1818	1824	0 %	100 %	0 %	0 %	32470557
52	NC_005005	TGAT	2	8	1853	1860	25 %	50 %	25 %	0 %	32470557
53	NC_005005	CT	3	6	1880	1885	0 %	50 %	0 %	50 %	32470557
54	NC_005005	TTC	2	6	1899	1904	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
55	NC_005005	TAGT	2	8	1923	1930	25 %	50 %	25 %	0 %	32470557
56	NC_005005	TTG	2	6	1952	1957	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	32470557
57	NC_005005	TTTCT	2	10	1978	1987	0 %	80 %	0 %	20 %	32470557
58	NC_005005	TCA	2	6	2001	2006	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
59	NC_005005	CAAA	2	8	2158	2165	75 %	0 %	0 %	25 %	32470557
60	NC_005005	AATA	2	8	2213	2220	75 %	25 %	0 %	0 %	32470557
61	NC_005005	TTCT	2	8	2243	2250	0 %	75 %	0 %	25 %	32470557
62	NC_005005	AAT	2	6	2262	2267	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470557
63	NC_005005	TCT	2	6	2291	2296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
64	NC_005005	T	7	7	2307	2313	0 %	100 %	0 %	0 %	32470557
65	NC_005005	TAA	2	6	2319	2324	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470557
66	NC_005005	TTTC	2	8	2364	2371	0 %	75 %	0 %	25 %	32470557
67	NC_005005	TTC	2	6	2390	2395	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
68	NC_005005	T	6	6	2419	2424	0 %	100 %	0 %	0 %	32470557
69	NC_005005	TTTAAT	2	12	2493	2504	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
70	NC_005005	CTT	2	6	2521	2526	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470557
71	NC_005005	TTA	2	6	2565	2570	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
72	NC_005005	TTTA	2	8	2576	2583	25 %	75 %	0 %	0 %	32470557
73	NC_005005	TCA	2	6	2601	2606	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
74	NC_005005	AGTA	2	8	2666	2673	50 %	25 %	25 %	0 %	32470557
75	NC_005005	GTT	2	6	2690	2695	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	32470557
76	NC_005005	ATC	2	6	2699	2704	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
77	NC_005005	ATT	2	6	2855	2860	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470557
78	NC_005005	T	6	6	2977	2982	0 %	100 %	0 %	0 %	32470557
79	NC_005005	TA	3	6	2998	3003	50 %	50 %	0 %	0 %	32470557
80	NC_005005	TCA	2	6	3009	3014	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470557
81	NC_005005	ACG	2	6	3022	3027	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	32470557
82	NC_005005	CAA	2	6	3034	3039	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470557
83	NC_005005	CAAA	2	8	3313	3320	75 %	0 %	0 %	25 %	32470558
84	NC_005005	AAC	2	6	3348	3353	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470558
85	NC_005005	AAC	2	6	3360	3365	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470558
86	NC_005005	A	6	6	3380	3385	100 %	0 %	0 %	0 %	32470558
87	NC_005005	AAG	2	6	3387	3392	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470558
88	NC_005005	TGG	2	6	3412	3417	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	32470558
89	NC_005005	AAAC	2	8	3427	3434	75 %	0 %	0 %	25 %	32470558
90	NC_005005	TGA	2	6	3460	3465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470558
91	NC_005005	GAA	2	6	3494	3499	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470558
92	NC_005005	TAA	2	6	3502	3507	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470558
93	NC_005005	AAC	3	9	3524	3532	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470558
94	NC_005005	AAC	2	6	3536	3541	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	32470558
95	NC_005005	ATTA	2	8	3563	3570	50 %	50 %	0 %	0 %	32470558
96	NC_005005	GATG	2	8	3587	3594	25 %	25 %	50 %	0 %	32470559
97	NC_005005	A	7	7	3609	3615	100 %	0 %	0 %	0 %	32470559
98	NC_005005	A	6	6	3647	3652	100 %	0 %	0 %	0 %	32470559
99	NC_005005	A	6	6	3659	3664	100 %	0 %	0 %	0 %	32470559
100	NC_005005	TAGA	2	8	3667	3674	50 %	25 %	25 %	0 %	32470559
101	NC_005005	AAAG	2	8	3675	3682	75 %	0 %	25 %	0 %	32470559
102	NC_005005	AGA	2	6	3758	3763	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470559
103	NC_005005	AAAT	2	8	3806	3813	75 %	25 %	0 %	0 %	32470559
104	NC_005005	AAG	2	6	3819	3824	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	32470559
105	NC_005005	TAT	2	6	4050	4055	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
106	NC_005005	TAAA	2	8	4060	4067	75 %	25 %	0 %	0 %	32470560
107	NC_005005	CGT	2	6	4089	4094	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	32470560
108	NC_005005	TTA	2	6	4095	4100	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
109	NC_005005	T	7	7	4173	4179	0 %	100 %	0 %	0 %	32470560
110	NC_005005	TCT	2	6	4233	4238	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470560
111	NC_005005	AATA	2	8	4239	4246	75 %	25 %	0 %	0 %	32470560
112	NC_005005	TTG	2	6	4263	4268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	32470560
113	NC_005005	TAA	2	6	4286	4291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470560
114	NC_005005	TAA	2	6	4300	4305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470560
115	NC_005005	TTC	2	6	4361	4366	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	32470560
116	NC_005005	TCA	2	6	4389	4394	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	32470560
117	NC_005005	TAG	2	6	4407	4412	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470560
118	NC_005005	CATA	2	8	4468	4475	50 %	25 %	0 %	25 %	32470560
119	NC_005005	TTA	2	6	4674	4679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
120	NC_005005	TAAAT	2	10	4703	4712	60 %	40 %	0 %	0 %	32470560
121	NC_005005	TTA	2	6	4714	4719	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
122	NC_005005	T	7	7	4724	4730	0 %	100 %	0 %	0 %	32470560
123	NC_005005	T	6	6	4741	4746	0 %	100 %	0 %	0 %	32470560
124	NC_005005	CA	3	6	4768	4773	50 %	0 %	0 %	50 %	32470560
125	NC_005005	TTA	2	6	4779	4784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
126	NC_005005	ATT	3	9	4802	4810	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470560
127	NC_005005	CATT	2	8	4821	4828	25 %	50 %	0 %	25 %	32470560
128	NC_005005	TAA	2	6	4856	4861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470560
129	NC_005005	CATA	2	8	4864	4871	50 %	25 %	0 %	25 %	32470560
130	NC_005005	AAAT	2	8	4913	4920	75 %	25 %	0 %	0 %	32470560
131	NC_005005	ATA	2	6	4986	4991	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470560
132	NC_005005	TGA	2	6	5450	5455	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	32470561
133	NC_005005	AAAC	2	8	5469	5476	75 %	0 %	0 %	25 %	32470561
134	NC_005005	TAA	2	6	5483	5488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470561
135	NC_005005	AT	3	6	5503	5508	50 %	50 %	0 %	0 %	32470561
136	NC_005005	AATT	2	8	5528	5535	50 %	50 %	0 %	0 %	32470561
137	NC_005005	ATT	2	6	5551	5556	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	32470561
138	NC_005005	A	6	6	5569	5574	100 %	0 %	0 %	0 %	32470561
139	NC_005005	AAGA	2	8	5580	5587	75 %	0 %	25 %	0 %	32470561
140	NC_005005	ATA	2	6	5599	5604	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	32470561
141	NC_005005	A	6	6	5615	5620	100 %	0 %	0 %	0 %	32470561
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.